色譜柱性能影響因素有很多，例如，硅膠純度、色譜柱尺寸、顆粒形狀、粒徑、表面積、孔徑，化學(xué)性質(zhì)包括鍵合類(lèi)型、碳覆蓋率、封端，在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質(zhì)，他們的類(lèi)型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。

　　1.樣品是極性的且弱酸性的；就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱

　　2. 如果樣品極性太強，或酸性太強；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC(親水色譜)，也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱(缺點(diǎn)是離子對試劑平衡時(shí)間長(cháng)，對流動(dòng)相pH要求比較精密，否 則很難重復實(shí)驗，另外離子對試劑很難洗下來(lái)，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實(shí)驗)

　　3. 若樣品是堿性的；可選擇高純硅膠柱(高純硅膠缺少金屬雜質(zhì)，且硅膠端基封尾)或一些經(jīng)過(guò)修飾的C18柱(如極性嵌入技術(shù)或堿去活技術(shù)等)，他們都會(huì )減少堿性化合物的拖尾，一般會(huì )選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留

　　4.如果堿性化合物的極性太強，或堿性太強；可以選擇寬pH的C18色譜柱在高pH值檢測(優(yōu)點(diǎn)是方法開(kāi)發(fā)簡(jiǎn)單，缺點(diǎn)是目前實(shí) 現這一技術(shù)的色譜柱品牌比較少，價(jià)格也高)或者選用HILIC色譜柱(硅膠柱在反相條件下使用，這也是很經(jīng)典的檢測堿性樣品的方法)選擇強離子交換柱(缺點(diǎn) 是不能用來(lái)分析其它樣品，對流動(dòng)相pH要求比較精密，否則很難重復實(shí)驗)也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱